En 1521 el Emperador abre las sesiones de la dieta de Worms donde Lutero expondrá sus tesis y después será desterrado. En 1522 regresa a España y al poco tiempo Adriano de Utrecht, su mentor de la infancia, es nombrado papa con el nombre de Adriano VI.

Aquí se abre la etapa de las guerras con Francia que culminarían, en una primera etapa con la detención y el traslado a Madrid de Francisco I en 1525, cuando el rey de Francia promete devolver la Borgoña y el Milanesado a la corona de los Habsburgo, promesa que posteriormente incumple reanudándose el conflicto en 1526. Ayudado el rey de Francia por Venecia, Florencia, y el Papa Clemente VII, los momentos más dramáticos de esta guerra se producen con el famoso Saco de Roma, en 1527, cuando el Papa es hecho prisionero por el Emperador, aunque rápidamente liberado tras ceder algunas posiciones italianas. Más tarde, después del asedio de Nápoles se firma la paz en 1529. Aunque se reanudan poco después las hostilidades al ser tomada Saboya por los franceses. Los ejércitos del Emperador llegan hasta las puertas de París y Francisco I debe rendirse ante la abrumadora superioridad militar de Carlos V.

Más de treinta años de lucha por la unidad política y religiosa en la Europa del siglo XVI. 

A partir de este momento el emperador centrará sus fuerzas en combatir el luteranismo creciente en tierras germánicas, en buscar la unidad católica mediante la celebración de un concilio y en mantener a los turcos alejados en el mediterráneo.

Las luchas contra los príncipes luteranos en Europa se enquistan, siendo tristemente famosa la represión de Gante dirigida por el propio Emperador. Este está decidido a mantener la unidad de Europa por la fuerza en contra de los deseos de la nobleza protestante que se había reunido en la liga de Esmalkalda contra él. Esta nobleza se une, además, con Enrique II, hijo y sucesor de Francisco I.

El Emperador es finalmente derrotado en Innsbruck donde está a punto de ser capturado y ha de huir por los Alpes, mientras las tropas francesas toman Metz, Toul y Verdún en 1552. Estos acontecimientos y el posterior sitio, fracasado, de Metz llevan a la paz religiosa de Augsburgo donde tiene fin la unidad religiosa de Europa.